Trybunał planuje prace kontrolne z dużym wyprzedzeniem. Jest jednak wystarczająco elastyczny, by zareagować na okoliczności wymagające przeprowadzenia kontroli danego obszaru polityki UE w krótkim terminie.
Główne cele kontrolne w perspektywie długoterminowej zostały przedstawione w wieloletniej strategii Trybunału. Dodatkowo Trybunał prowadzi wieloletnie planowanie kroczące, w ramach którego decyduje w sposób bardziej szczegółowy, jakie kontrole przeprowadzi w najbliższym roku i jakich potrzebuje do tego zasobów. Aby przedstawić na czas stosowne sprawozdania, Trybunał przekazuje swój program prac zainteresowanym stronom. W szczególności co roku omawia go na posiedzeniu Konferencji Przewodniczących Komisji – organu politycznego Parlamentu Europejskiego, który koordynuje prace wszystkich komisji parlamentarnych.
