Curtea își planifică activitatea de audit cu mult timp în avans. Ea este însă suficient de flexibilă pentru a putea răspunde atunci când circumstanțele îi impun, în ultimul moment, să auditeze un domeniu de politică al UE.
Obiectivele principale ale auditurilor pentru planificarea pe termen lung sunt definite în strategia multianuală a Curții. Pe lângă aceasta, instituția desfășoară un exercițiu de planificare multianuală continuă, în cadrul căruia decide în mod mai detaliat cu privire la ce va audita în anul următor și la resursele necesare în acest scop. Pentru a se putea elabora în timp util rapoarte relevante, programul de activitate este pus la dispoziția părților interesate. În special, Curtea discută acest program în fiecare an cu Conferința președinților de comisie, organismul politic al Parlamentului European care coordonează activitatea tuturor comisiilor din cadrul acestuia.