De conformidad con el Tratado de Funcionamiento de la Unión Europea, el TCE y los órganos nacionales de auditoría de los Estados miembros deben cooperar en un espíritu de confianza y manteniendo su independencia. La cooperación entre las EFS de los Estados miembros de la UE y el TCE se remonta al comienzo de la existencia del Tribunal en 1977, y ha aumentado con los años.
El Tribunal coopera activamente con las EFS de los Estados miembros en el marco del Comité de Contacto.
El Comité de Contacto está formado por los presidentes de las EFS de la UE y del TCE, y se reúne todos los años. Constituye un foro de cooperación e intercambio de conocimientos profesionales y experiencias en el ámbito de la auditoría de los fondos de la UE y otros asuntos relativos a la Unión.
El contacto diario se mantiene gracias a los agentes de enlace nombrados por cada institución. Grupos de trabajo, redes y grupos de acción contribuyen a desarrollar prácticas y posiciones comunes.