​Euroopan tilintarkastustuomioistuimen tehtävänä ei ole tutkia EU:n taloudellisiin etuihin kohdistuvia petosepäilyjä, mutta se on mukana EU:n talousarvioon kohdistuvien petosten torjunnassa tekemällä tarkastuksia, joiden aiheena on petosten ehkäisy tai havaitsemisjärjestelmät. Lisäksi tilintarkastustuomioistuin antaa lausuntoja komission tekemistä uusista lainsäädäntöehdotuksista tai lainsäädännön tarkistamisehdotuksista, jotka koskevat petoksiin liittyviä asioita.