Tilintarkastustuomioistuin tekee yhteistyötä EU:n ehdokasmaiden ja mahdollisten ehdokasmaiden ylimpien tarkastuselinten kanssa helpottaakseen säännöllistä tietojenvaihtoa, kehittääkseen tarkastusmenetelmiä ja edistääkseen ammatillista koulutusta. Yhteistyökumppanina on SIGMA (Support for Improvement in Governance and Management), joka on taloudellisen yhteistyön ja kehityksen järjestön OECD:n ja EU:n yhteinen aloite.

Keskeinen yhteistyön väline on EU-jäsenyyttä hakevien maiden ja mahdollisten hakijamaiden ylimmistä tarkastuselimistä muodostuva verkosto, joka toimii samaan tapaan kuin yhteyskomitea. Verkoston puitteissa on vuosien mittaan järjestetty säännöllisesti ylimpien tarkastuselinten pääjohtajien ja yhdyshenkilöiden kokouksia sekä työryhmiä, seminaareja, workshop-tapaamisia ja rinnakkaistarkastuksia. Verkoston päätavoitteena on edistää tarkastusmenetelmien ja -tekniikoiden soveltamista kansainvälisten standardien ja parhaiden EU-käytäntöjen mukaisesti.