Pierwsze spotkanie prezesów NOK państw UE (wówczas EWG) odbyło się w 1960 r. Od tego czasu prezesi NOK współpracują w ramach Komitetu Kontaktowego działającego jako forum, na którym omawia się sprawy będące przedmiotem wspólnego zainteresowania. Po wprowadzeniu zasobów własnych do budżetu UE pod koniec lat 60., a następnie po rozszerzeniu kompetencji Parlamentu Europejskiego w kwestiach budżetowych, potrzeba utworzenia niezależnego zewnętrznego organu kontroli dla Unii Europejskiej stała się coraz bardziej oczywista. Komitet Kontaktowy wydatnie przyczynił się do powołania ETO oraz do kodyfikacji jego uprawnień w traktacie brukselskim w 1975 r., co doprowadziło do utworzenia ETO w 1977 r. W 1978 r. Komitet Kontaktowy zaprosił do swego grona ETO, który tym samym stał się jego dziesiątym członkiem.

Wraz z rozwojem integracji europejskiej od momentu podpisania traktatu rzymskiego zmieniała się także rola Komitetu Kontaktowego. Z biegiem lat współpraca między NOK państw członkowskich UE a ETO stawała się coraz bardziej zorganizowana i zinstytucjonalizowana. Znalazło to również odzwierciedlenie w kolejnych traktatach europejskich, w których współpracę tę ujmowano w sposób coraz bardziej sprecyzowany.

Traktat WE w swojej pierwotnej wersji stanowi, że ETO prowadzi kontrole w „powiązaniu” z najwyższymi organami kontroli państw członkowskich*, a w traktacie amsterdamskim dodaje się, że „Trybunał Obrachunkowy oraz krajowe organy kontroli współpracują na zasadzie wzajemnego zaufania, zachowując swoją niezależność”. Następnie, w traktacie z Nicei, w deklaracji nr 18 załączonej do jego aktu końcowego, zachęca się ETO do utworzenia komitetu ds. kontaktów z NOK państw członkowskich (w rzeczywistości komitet już istniał)**.

Współpraca między NOK państw członkowskich UE a ETO nie jest jednak wyłącznie obowiązkiem prawnym, lecz wynika raczej z praktycznej konieczności podyktowanej faktem, że organy wspólnotowe i krajowe są ze sobą coraz ściślej powiązane. W związku z szeroko zakrojoną decentralizacją zarządzania budżetem UE, które przechodzi w gestię władz krajowych w państwach członkowskich i państwach beneficjentach, środek ciężkości kontroli środków UE przesunął się w stronę tych krajów. W konsekwencji Traktat dał podstawę prawną dla współpracy między ETO a krajowymi najwyższymi organami kontroli lub innymi właściwymi organami krajowymi zajmującymi się kontrolą. W praktyce krajowe najwyższe organy kontroli zapewniają kontrolerom Trybunału praktyczne i logistyczne wsparcie na miejscu, jak również szczegółową wiedzę na temat kontrolowanego obszaru.