El Tribunal planifica su programa de trabajo sobre una base plurianual y anual. El plan plurianual permite definir y actualizar la estrategia del Tribunal, mientras que el plan anual establece las tareas específicas que han de llevarse a cabo durante el ejercicio en cuestión. El programa de trabajo resultante detalla las tareas de control prioritarias y la afectación de los recursos necesarios para su realización.
El programa de trabajo anual se publica, y es presentado a la Comisión de Control Presupuestario del Parlamento Europeo por el Presidente del Tribunal.