Το ΕΕΣ σχεδιάζει τις εργασίες του τόσο σε πολυετή όσο και ετήσια βάση. Ο πολυετής σχεδιασμός επικεντρώνεται στον καθορισμό και την επικαιροποίηση της στρατηγικής του ΕΕΣ. Με τον ετήσιο σχεδιασμό καθορίζονται τα συγκεκριμένα καθήκοντα που θα αναληφθούν κατά τη διάρκεια του συγκεκριμένου έτους. Στο καταρτιζόμενο πρόγραμμα εργασίας απαριθμούνται τα ελεγκτικά καθήκοντα κατά προτεραιότητα και κατανέμονται οι αναγκαίοι πόροι για την υλοποίησή τους.
Το ετήσιο πρόγραμμα εργασίας δημοσιεύεται και παρουσιάζεται στην Επιτροπή Ελέγχου του Προϋπολογισμού του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου (CONT) από τον Πρόεδρο του ΕΕΣ.